MoleditPy macOS アプリバンドル

概要

MoleditPyは、Pythonで構築された、クロスプラットフォームでシンプルかつ直感的な分子エディタです。 本パッケージは、macOS向けにビルドされた単体で動作するMoleditPy.appバンドルを提供します。Pythonインタプリタとすべてのライブラリを内蔵しているため、Pythonのインストールやpip installは不要です。

このバージョンについて

このmacOS版パッケージは、互換性の問題からOpen Babelライブラリが無効化されたmoleditpy-linuxを使用しています。 Open Babelに依存する機能（3D変換のフォールバック）は利用できませんが、基本的な分子描画および編集機能は問題なく動作します。

Open Babelのフォールバックが必要な複雑な分子では、3D変換が失敗するかもしれません。その場合は、Settingsから、3D ConversionをDirectに変更してみてください。Convert 2D to 3Dボタンの右クリックで一時的に変更もできます。

本バンドルはApple Silicon（arm64）専用で、Appleによる公証（notarization）は受けておらず、アドホック署名のみが施されています。Intel Macをお使いの場合、またはすべての機能を利用したい場合は、代わりにpipでインストールしてください（Installation for macOSを参照）。

注意: 本パッケージにはpipが含まれていないため、外部依存関係（追加パッケージ）を必要とするプラグインは実行できません。さらに、本バンドルはターミナルウィンドウを伴わずに起動するため、コンソール出力はログファイルからのみ確認できます。詳しくは下記の制限事項をご覧ください。

ダウンロード

以下のリンクからアプリバンドルをダウンロードしてください。 クリックするとダウンロードが開始されます。

MoleditPy for macOS (Apple Silicon) をダウンロード

インストール手順

  1. ダウンロード 上記のリンクからアーカイブ（.zip）をダウンロードします。Safariでは自動的に展開されます。他のブラウザの場合は、ダウンロードしたファイルをダブルクリックして展開してください。

  2. アプリケーションフォルダへ移動 MoleditPy.appをアプリケーションフォルダにドラッグしてください。

  3. 初回起動 MoleditPy.appを右クリック（またはControlキーを押しながらクリック）して開くを選択し、表示されるダイアログで再度開くをクリックします。

    ※ 本アプリは公証を受けていないため、初回のみ通常のダブルクリックではmacOSにブロックされます。一度許可すればmacOSがその選択を記憶するので、次回以降は通常のダブルクリックで起動できます。

    ※ 「”MoleditPy”は壊れているため開けません」と表示される場合は、ターミナルからダウンロード時の隔離属性を解除してください。

    xattr -dr com.apple.quarantine /Applications/MoleditPy.app

  4. 完了 MoleditPyは通常のmacOSアプリケーションとして起動し、Dockに登録して使用できます。

制限事項

本バンドルはPython環境ではなく凍結（frozen）されたアプリケーションであるため、次の3点の制限があります。

  1. 外部パッケージを必要とするプラグインは実行できません。 pipが含まれていないため、MoleditPyが同梱していないライブラリ（例えばPySCFやSciPy）を読み込むプラグインは利用できません。MoleditPy本体が同梱するものだけで動作するプラグインは、これまでどおり使用できます。

  2. ターミナルウィンドウがありません。 本バンドルはウィンドウアプリとして起動するため、Pythonのコンソール出力（起動時のメッセージ、警告、トレースバック）はどこにも表示されません。この点が、出力を確認できるように意図的にターミナル経由で起動するmoleditpy-installer製のMoleditPy.appとの違いです。

    代わりに、内蔵のログファイル機能をご利用ください。

    • Settings ▸ Other ▸ Save log to file (~/.moleditpy/moleditpy.log) を有効にします。詳細な情報が必要な場合はEnable DEBUG level loggingも有効にしてください。
    • ログ設定の変更は再起動後に有効になります。
    • ログは~/.moleditpy/moleditpy.logに書き出されます（ローテーションあり、最大1MB×3）。

    • コンソール.appで開くか、ターミナルでリアルタイムに確認できます。

      tail -f ~/.moleditpy/moleditpy.log

    ログファイル出力を有効にすると、MoleditPyのエラーダイアログがこのファイルの場所を案内します。不具合を報告する前に有効にしておくと、報告の内容がより有用になります。

  3. ファイルの関連付けはありません。 .pmeprjや.molファイルをダブルクリックしても本バンドルでは開きません。アプリ内のFile ▸ Openを使うか、pipとmoleditpy-installerでインストールしてください（.pmeprjの関連付けが登録されます）。

アンインストール方法

ソフトウェアを削除する場合は、/アプリケーション/MoleditPy.appをゴミ箱にドラッグしてください。設定・プラグイン・ログは~/.moleditpyに保存されているため、完全に削除する場合はこのフォルダも削除してください。

動作環境

  • OS: macOS 11 Big Sur以降（macOS 14以降を推奨）
  • プロセッサ: Apple Silicon（M1以降）
  • メモリ: 4GB以上推奨

免責事項

本ソフトウェアの使用によって生じたいかなる損害についても、開発者は責任を負いません。自己責任においてご利用ください。